目前开辟台湾─马公航线航空公司分别为：立荣、复兴、华信、德安、远东等30余班次，分别从台北、台中、台南、嘉义、高雄起飞，观光旺季或年节，还会视旅客需求增加班次。
马公航空站
地址：澎湖县湖西乡隘门村126-5号
电话：(+886) 6 9228188
订位专线：
立荣航空 (+886) 7 7911000
复兴航空 (+886) 449 8123
华信航空 (+886) 412 8008
远东航空 (+886) 2 8770799
德安航空 (+886) 7 8014711
从大陆到澎湖可以从厦门坐渡轮到金门，然后到金门尚义机场搭飞机（复兴航空等）到澎湖，也可以到了台湾本岛后乘坐以上台湾-马公航线的航班前往澎湖。
岛际交通：马公与望安、七美之间有固定交通船往来，其余离岛则有私人经营的船班。
可从台湾中南部（高雄、嘉义）海运码头搭乘轮船前往澎湖，航行时间约四小时，船班随季节与天候状况，会有所调整，行前请多联络查询。轻型客轮并非每日开航，冬季或天候不佳时多停航，冬季仅有台华轮。
马公港-高雄港（台华轮）：
联络电话：高雄售票处：(+886) 7 5615313转9
马公售票处：(+886) 6 9264087、9263031
票价：高雄-马公特等舱全票新台币1700元；头等舱新台币1300元；卧铺舱新台币980元；座卧舱、B1、B2、B3座舱新台币860元；VIP室每航次包舱费6000元/间 ，每间限两名乘客，共两间。
马公-高雄特等舱全票新台币1619元；头等舱新台币1238元；卧铺舱新台币933元；座卧舱、B1、B2、B3座舱新台币819元；VIP室每航次包舱费5714元/间 ，每间限二名乘客，共两间。
马公港-布袋港（满天星号、今一之星、凯旋3号、百丽号）：
联络电话：嘉义布袋港售票处：(+886) 5 3470948
马公售票处：(+886) 6 9269721（满天星号）、9260666（今一之星）、9277995（凯旋3号）、9268199（百丽号）
票价：布袋-马公：全票新台币1000元，马公到布袋新台币950元
